ワシントンD.C.にある合衆国最高峰の法医学研究所・ジェファソニアン研究所に勤務するテンペランス・ブレナン博士は、「骨から人物を特定すること」を専門とする有能で高名な法人類学者。変死体や白骨遺体が発見されるなどして遺骨の調査が必要な事件が起きると、FBIからの要請を受け、事件の現場に赴いたり遺体の鑑定を行ったりする。FBI捜査官のシーリー・ブースとコンビを組んで様々な事件の捜査にあたり、次第に良き相棒になってゆく。
第1話 墓地の眠れぬ魂
アーリントン墓地にある池から身元不明の遺体が発見された。FBI捜査官のブースはジェファソニアン法医学研究所の法人類学者ブレナンに協力を要請。分析の結果、被害者はベツレヘム上院議員の秘書で行方不明になっていたクリオ・ルイーズ・エラーだと判明する。彼女と上院議員には不倫疑惑があり、しかもクリオは妊娠していた。
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第2話 自爆テロリストの真実
ワシントン市内で中東系の男性が乗った車が爆発炎上。車の持ち主ハミッドが中東問題の政府顧問だったため、ブースはブレナンに身元の検視を依頼する。遺体はハミッドと断定、当初はテロリストと疑われたが、やがて自殺に見せかけて殺害されたことが分かる。ブレナンは彼の骨が異常に脆い状態だったことに疑念を覚える。
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第3話 木につるされた少年
メリーランド州の全寮制名門私立校で少年の首吊り死体が発見される。少年はベネズエラ大使の息子ネストールと判明するが、外聞を気にした学校関係者は単なる自殺として処理しようとする。しかしブレナンが通常折れるはずのない舌骨が折れていたことから自殺説を否定、捜査の結果ブースは彼の部屋から盗撮ビデオを発見する。
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第4話 クマの中に残された証拠
熊の遺体から発見された人間の手の骨の調査をブースから依頼されたブレナン。骨に残されたノコギリ跡から、既に切断された手を熊が食べたことが判明。ブレナンとブースは体の残りの部分を探し、被害者はパークレンジャー志望のアダムと断定される。さらに彼の骨を調べたブレナンは、骨に人間による噛み跡があることを見つけ出す。
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第5話 小さな死体
ショッピングモール裏の空き地で少年の遺体が発見された。ラボでは彼が性的虐待を受けていたと推測、調査の結果、被害者は6歳の少年チャーリーと判明する。さらにブレナンが骨を詳細に調べると、遺伝的疾患からチャーリーと母親に血縁関係がないことが分かり、母親の処遇を巡ってブースとブレナンは対立してしまう。
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第6話 壁の中の逃走
アンジェラに誘われ人気クラブに行ったブレナンは、破れた壁の中からミイラ化した死体を発見してしまう。被害者はDJマウントの名で知られたクラブの人気DJロイで、大量の覚せい剤を吸入して窒息死していた。彼にはDJルールズというライバルがいて、しかも恋人イブを巡っても対立していたことをブースは知る。だがイブもまた行方不明になっていた。
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第7話 32時間の命
7年前、17歳の少女エイプリルを殺害したエップスの死刑執行が32時間後に迫ったある日、彼の弁護士の依頼でブースは事件を再捜査することに。ブレナンは発掘許可を得てエイプリルの骨を再調査。その結果、遺体は殺された後に発見現場に移動させられたことが分かり、アリバイのあったエップスの冤罪の可能性が高まるが……。
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第8話 冷蔵庫に捨てられた少女
ブースが不法投棄された冷蔵庫の中から発見された遺体をラボに持ち込んできた。歯の治療記録から被害者は19歳のマギーと判明。彼女は1年ほど前に誘拐され、そのまま行方不明になっていたことが分かる。遺体からは致死量の医療用ヘロインが検出され、主治医の話から彼女に薬を横流ししていた女性の存在が浮上する。
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第9話 過去からのプレゼント
改装中の政府施設内で50年代に設置された核シェルターが見つかり、中から白骨化した遺体が発見される。クリスマスでも仕事一筋のブレナンは早速検視を開始するが、ザックが骨を裁断している最中にバイオハザードが発生。渓谷熱という死に至る病原菌と判明したことから、ラボにいたメンバーは2日間隔離されることに。
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第10話 自分を消し去った女
ロサンゼルス国際空港で広範囲に散らばった白骨化遺体が見つかり、ブースはブレナンに検視を依頼。頭蓋骨に何度も美容整形をした痕跡を見てとったブレナンは、豊胸バッグの製造番号から手がかりを追う。盗品の豊胸バッグを娼婦が使っていたと聞いた2人は、行方不明者リストの中から、レイチェルという娼婦を見つけ出す。
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第11話 守りたいもの
車の中から女性の焼死体が発見され、遺留品から子供が誘拐されたと推測される。骨の特徴から被害者はロシアからの移民ポリーナと判明。彼女はカール・デッカーというアメリカ人男性と3ヶ月前に離婚、8歳の息子ドノバンと暮らしていた。ブレナンとブースはカールの家に向かうが、彼は証人保護プログラムの対象となっていた。
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第12話 ヒーローの死
路地裏のゴミの中から腐乱死体が発見された。遺体はヒーロー風の衣装を身につけていた。歯型から被害者はウォーレン17歳と判明、彼は自分を主人公にしたコミックを描き、衣装はその主人公のものだった。彼のコミック仲間から話を聞いたブースは、ウォーレンがバイト先のボウリング場の女性と付き合っていたと聞かされる。
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第13話 家族の庭
ギャングの車の中から、どこからか掘り出された遺体を発見。現場に向かったブレナンとブースは聞き込み中に何者かに銃撃され、拘留していたギャング、ホゼを取り逃がしてしまう。遺体に付いていた珍しい植物がコーマン上院議員宅にしかないものと分かり話を聞きに行った2人は、議員の息子、ローガンからホゼの意外な素顔を聞く。
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第14話 7人目の死体
国務省のジェット機がゴルフ場に墜落。乗員は5名となっていたが遺体は6体あった。ブレナンは現場で燃えていないさらに別の骨の破片を発見し、事件性が高いと考えるが、6人目の遺体の身元確認を優先するよう命令される。そんな彼女の前に、その骨の破片が失踪した自分の父親のものではないかと訴えるジェシー・ケインと名乗る男が現れる。
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第15話 パートナーの危機
ラボにチェサピーク湾から引き上げられた遺体が届く。FBIは6年前に姿を消したマフィアのボス、ジェームス・クジーニと推測する。そこにブースが犬に食べられた新たな遺体を持ち込み、状況から2年前の未解決事件で不起訴になったホリングズを第一容疑者として捜査を開始。2つの事件を抱えたブレナンは、その夜何者かに銃撃される。
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第16話 地下の住民たち
ブレナンは地下水路でドキュメンタリー監督のマーニーの遺体を発見。マーニーが地下に暮らすホームレスを取材していたことを知ったブレナンたちは、再び地下水路へ。ホームレスの男性、ハロルドが持っていた彼女の持ち物から200年以上も前の貴重なメダルが見つかり、ブースたちは彼女が宝を発見したため殺害されたと推測する。
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第17話 砂漠の恋人
休暇で砂漠に行っていたアンジェラから恋人のカークが行方不明になり、保安官事務所に頭蓋骨が送られてきたと緊急連絡が入る。現地に飛んだブレナンはブースに応援を要請。DNAがカークと一致し、毛髪からペヨーテが検出されたと聞いたブレナンは、カークに麻薬を渡していた地元のアーティスト、ウェインの家に向かう。
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第18話 黒ひげの呪い
水死したと思われるダイバー、メイシーが指の骨を握っていたことから、ブースに鑑定を依頼されたブレナン。その結果、骨は300年前のものと分かり、遺体の発見場所が海賊の財宝が眠っているとされる島だったため、彼が宝を発見して殺害された可能性が浮かび上がる。ブースはメイシーの発掘パートナーだったハードウィックに容疑を向けるが……。
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第19話 消えた記憶
ハリケーンによる身元不明遺体の鑑定のためニューオーリンズにいたブレナンは、遺体361号が運ばれてきた直後に気を失い、2日間記憶を失くしてしまう。遺体にブードゥー教の黒魔術の材料があったことから、ブレナンはそれを購入した同僚医師レジェールの家に行くが、レジェールの遺体を発見。現場からブレナンの血が検出されたため、殺人容疑で逮捕されてしまう。
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第20話 移植された悲劇
FBIの副長官カレンの娘エイミーが中皮腫で入院中だと知ったブレナン。発症の主な原因はアスベストだがエイミーは摂取していない。だが1年前に骨折して骨の移植を受けたと言う。やがて医師のオグデンが違法にドナーを集めていたことが判明。ブレナンは移植患者から入手経路を辿ろうとさらに詳細に骨を調べる。
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第21話 英雄の秘密
イラク戦争で仲間を守って戦死したチャーリー・ケントの墓の前で焼死体が発見される。遺体はチャーリーと一緒に派兵されたデボン・マーシャルと判明。原因究明のためチャーリーの遺体の掘り起こしを要求するブレナンにブースは激しく反対するが、彼らと同じ部隊にいた者たちの言動から、チャーリーの死には裏があると考え始める。
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第22話 マルコとポーロの再会
ラボに保管されていた頭蓋骨の3D映像を見てブレナンは驚愕。それは彼女が15歳の時に失踪した母の顔だった。両親が偽名を名乗っていたと知ったブレナンは、ラボに現れた疎遠の兄ラスから自分たちの本当の名前を聞く。ブースの調べで両親が銀行強盗の一味だったことが分かり、ラスはアンジェラの協力で当時両親を脅していた男の顔を思い出す。
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第1話 遺された思い出
ブレナンとブースは、上院議員と有力なビジネスマンが犠牲となった列車事故の調査に乗り出す。一方、ブレナンの母殺害の容疑者であるマクビカーが獄中死を遂げ、父親の行方を知る唯一の手がかりを失ったブレナンは途方に暮れる。
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第2話 断ち切られた絆
デラウェア・ベイで、1年前に失踪したカーリー・リチャードソンと思われる妊婦の遺体の残骸が発見される。不倫していた夫が容疑者となっていたが、新たな事実が浮かび上がる。一方、ブースは息子とレベッカの恋人が仲良くなるのが気に食わない。
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第3話 ジュリエットの悲劇
学業優秀な家出少年の死体がゴミの中で発見され、施設を逃げ出した恋人に疑いがかかる。自らも施設出身のブレナンは容疑者の少女に同情すると同時に、周囲の里子への偏見に怒りを覚える。
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第4話 殺人ゲーム
ブースとブレナンが少女の骸骨を掘り出した後、この事件が単なる他殺ではないことが明らかになる。ホッジンズ、ザックとカミールの調査で、かつてブレナンが証言を提供した死刑囚ハワード・エップスが関連していることが判る。
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第5話 嘘に溶けた真実
建築中の物件で薬剤入りの浴槽に浸かり、全身が溶解した変死体が見つかる。ブレナンは遺体が骨形成不全症のラリーである事を突き止めるが、彼は2つの家庭を持つ重婚生活を送っていた。
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第6話 スイートルームの女
麻薬対策会議後に行われたホテルでのパーティーで爆発が起こり、出席者4人と接客係の女性が犠牲に。当初は麻薬組織が仕掛けた事件と思われたが、死亡した女性と主賓の関係を知り、ブレナンとブースは爆発犯の真の狙いに気づく。
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第7話 幼きクイーンの悲劇
6ヶ月前に失踪した美少女コンテスト優勝者の遺体が浄水場で発見される。まだ9歳だった少女の死にショックを受ける母親や離婚した父親、またコンテスト仲間の少女らに聞き込みをし、ブレナンとブースが犯人の行方に迫る。
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第8話 砂漠に捨てられた女
連邦捜査官と身元不明の女性の骸骨がベガス郊外の砂漠で発見され、ブレナンとブースは秘密のアルティメット・ファイティングの世界に足を踏み入れる。
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第9話 届かぬ地中の叫び
5年前に誘拐された双子の死体が、地中に埋まったタンクの中から発見された。遺体の検視が進む中、ブレナンとホッジンズが誘拐犯“墓掘人”の手に落ちる。生き埋めとなった二人は、ブース達に必死で場所を知らせようとする。
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第10話 眠れぬ森の魔女
森の中に潜む、首をはねられた魔女に関するドキュメンタリーを制作していた映画学科の大学生が死体で発見される。遺体とカメラに残された映像を頼りにブースとブレナン達が犯人の割り出しに尽力する。
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第11話 過去からの告発
元FBI捜査官が殺害された事件が、10年前にブレナンの父を巻き込んだ陰謀の存在を露呈する。そんな中、博士号を修得するための口頭試問を受けたザックに、就職に必要なのはプロらしい外見だとアンジェラがアドバイスする。
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第12話 最後の勝者
DCの刑務所で起こった火災現場にブレナンとブースが調査に訪れる。そこで収監されていた連続殺人犯ハワード・エップスと思われる焼死体が発見されるが、実際には彼が脱獄を果たしたと判明。ブレナンに関わる全ての人間がその標的となる。
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第13話 沼に沈んだ青春
春休みの休暇中に失踪した大学生の遺体が、ワニに食われた状態で発見される。ブースがアイスクリームトラックの発砲事件により謹慎を受ける間、ブレナンは他の捜査官と組むことに。
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第14話 友情とルールのジレンマ
ジェファソニアンの有力な後援者であるテランス・バンクロフト氏が自宅で遺体で見つかった。ジャックは彼の友人であり、彼の妻クラリッサとは元恋人という間柄でもあった。だがその事が露呈すると事件の調査に参加出来ないことを察したジャックは、二人との関係を隠すために証拠を隠蔽してしまう。
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第15話 赤いテープ
ブレナンが執筆した小説の中の出来事を再現するかのごとく、3つの殺人事件が発生。しかし犯行の手口が一貫せず謎は深まるばかり。そんな中、サリーはブレナンを守ろうとするあまり、かえって彼女を遠ざけることに。
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第16話 骨のない死体
ブレナンがサリーと休暇を楽しむ中、ブースは河で発見された骨の無い女性死体の件で二人を邪魔する。どうやら取り去られた骨は“冥婚”という中国の古い風習に使用された可能性が。そんな中、サリーは1年間の航海に出ようとブレナンを誘う。
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第17話 神の庭の犯罪者
歴史ある墓地で、水道管の異常により殺人事件が浮き彫りになる。教会の神父や信者に対する捜査を進める中、ブースとブレナンは絶えない口論の問題を解決するため、セラピストに会いに行く。
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第18話 君を諦めない
ボルティモアで地中にコンクリート詰めになった死体が発見される。手口からある殺し屋の仕業とかぎつけたブースは、雇い主のマフィアのボスに誘拐される。ブレナンはブース救出のため、思いがけず失踪中の父親から助けを得ることに。
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第19話 切り裂かれた栄光
空から落ちてきた遺体の一部を調査した結果、長時間宇宙にいたことが判明。ブレナンのチームはエイリアンとそれを隠蔽する政府の陰謀を疑う。また、ホッジンズがアンジェラに再びプロポーズを。
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第20話 光る骨
山中の小屋で光る遺体が発見され、放射能汚染の可能性があると言われ調査に乗り出したブースとブレナン。やがて遺体は有名シェフのものであると判明し、光る骨の謎が凶器となった包丁にあることが分かる。
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第21話 愛ゆえの選択
ブレナンとブースが稀有な病を患っていた少女の死について調査に乗り出す。ブレナンの父が再び現れ、家宝と母親からのメッセージを届ける。ホッジンズとアンジェラはいよいよ結婚式を迎えるが、何かが邪魔に入る。
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第1話 金庫室の晩餐
高速道路で若者のグループが運転する車のフロントガラスに頭蓋骨が落ちてくる。一方、ジェファソニアンでは、ブレナンがイラクに行ってしまったザックに代わる若い法医人類学者の実力のほどを試す。
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第2話 青空に散った正義と真実
ミニバンに乗ってサッカーチームを眺めていた主婦が車ごと爆破され、ブレナンとブースが捜査に乗り出す。見たところ平凡で無害な、郊外在住の主婦を殺害する動機を持つ者とは誰なのか。
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第3話 サラブレッドの最期
キャンプ中の11歳の子供が、森の中で腐乱死体を発見。両手を縛られ、足首が切断された遺体の調査が開始される。検死の結果を受け、ブレナンとブースは殺害現場からそう遠くない、バージニアのホテルに向かう。
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第4話 土の中の秘密
古い復員軍人病院の敷地内で、ひどく腐敗した遺体が発見され、ブースとブレナンが捜査に乗り出す。被害者の男は自然食品チェーンの創業者フランクリン・カーティスと判明。遺体は熱を発していた。つまり被害者は調理されたか、火葬されたと分かりメンバーは困惑する。
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第5話 ハロウィーンの悪夢
ハロウィーンの特設迷路の中で、子供がミイラ状態の少女の遺体を発見。ブレナンとブースが現場へ向かう。被害者の少女は死亡してから少なくとも1年が経過していることが分かり、二人は当惑する。
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第6話 燃え尽きた優等生
ジェファソニアン研究所で評判の高い科学者を父に持つ、同研究所の研修生の女性が黒焦げの状態で研究所の焼却炉から発見される。ブースとブレナンは同僚の事情聴取を余儀なくされる。
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第7話 タイムカプセルの少年
高校の卒業生が集まって20年前に埋めたタイムカプセルを掘り起こす。しかしタイムカプセルの中にはクラスメイトだった男性の白骨体が。被害者は昔クラスで仲間外れにされていた生徒と判明。ブースとブレナンは、1987年度卒業生たちの秘密に迫る。
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第8話 狙われた騎士
建築作業員が、膝蓋骨が手術で取り除かれた神父の遺体を発見。それは“父亡き息子”連続殺人事件の新たな被害者だと判明する。アンジェラが被害者を示すと思われる図柄を発見したことで、ブースたちは犯人がある法則に従って被害者を選んでいることに気づく。
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第9話 クリスマスの奇跡
白いあご髭とサンタの衣装を身にまとった遺体が、クリスマスの3日前に発見される。科学的証拠を集めると、被害者は何をとっても本物のサンタと一致する。しかも男の本名はサンタの本名と同じクリス・クリングルだった。
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第10話 泥に沈んだ栄光
若いカップルが天然風呂に浸かっていると、楽しみもつかの間、泥の中から骸骨が見つかる。遺骸はスーパー・グランプリで優勝したばかりのバイクレーサーと判明、ライバルのレーサーたちが真っ先に疑われる。
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第11話 観覧席に埋もれた青春
バスケットコートの観覧席の下から遺体が発見され、ブレナンとブースは大学のキャンパスに向かう。遺体は判別できないほど押しつぶされていたが、金のネックレスから、被害者が全国大会出場レベルの大学バスケチームで活躍する、ポイントガードのスター選手だと判明する。
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第12話 悲しき子守唄
ブースとブレナンが向かった自動車事故の現場で、意図的に判別不可能なほど黒焦げにされた遺体が発見される。ブースたちが現場検証を行っていると、かすかな泣き声が。被害者の赤ん坊が衝突の際飛ばされて、奇跡的に近くの木の上にのっていたのだ。
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第13話 真実が裁かれるとき
ブレナンの父親の裁判が始まる。ブレナンを除くジェファソニアンのメンバーは全員、検察側の専門家証人として法廷に出廷。自分たちの証言によってはブレナンの父親に死刑判決が下る可能性があるため、ブースたちは公明正大な態度を保とうとする。
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第14話 アメリカン・アイドル殺人事件
歌手を目指していた青年の遺体が田舎道で見つかり、ブレナンとブースが捜査に乗り出す。そして、ファンもいればライバルもいた被害者トミーにつきまとっていた思い込みの激しい一人の女性は、彼の死後、ストーカー行為の矛先をブースに向けてくる。
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第15話 下顎骨に刻まれた秘密
下顎骨がジェファソニアンに届けられた。ブレナンたちは、すぐにそれが連続殺人犯ゴルモゴンの仕業と分かる。さらにラボで起こった爆発でザックが負傷し入院した後、ゴルモゴンの銀の骸骨が地下金庫室から消えていることが判明する。
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第1話 イギリス事件簿
ブレナンとブースはDCからロンドンへ向かう。ブレナンはオックスフォード大学に特別講師として迎えられ、ブースはスコットランドヤードでスピーチを行うことになっていた。地元警察は、裕福な一家の相続人である娘が殺された事件について、専門知識を持つ二人に捜査を依頼。二人は、地元のイアン・ウェクスラー教授と調査官ケイト・プリチャードとチームを組む。
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第2話 浮気の代償
一部が腐敗した遺体が野外トイレで発見される。遺体は浮気の現場を押さえるリアリティ番組の司会者のものと判明。ブレナンとブースは彼に恨みを持ち、復讐したいと思っている大勢の容疑者の中から犯人を割り出さねばならない。二人はブレナンのやり手の院生の力を借り、カギとなる科学的証拠を探す。
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第3話 無垢なる者の牙
ブースと息子パーカーが遊んでいる時、パーカーが鳥の巣の中から人間の指を見つけてしまう。そこでチームは遺体の他の部分を見つけようと捜査に乗り出す。遺体がジェファーソン記念館で見つかり、すぐに事故でないことが明らかに。さらにラボでは、新しく入った中年の院生のおかげで、被害者は地元の獣医と判明。男はギャンブル中毒だったため、大勢の容疑者が浮上する。
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第4話 完全なる世界の崩壊
若者が不気味な紫色に変色した水の入った水槽に横たわるバラバラ遺体を発見。ブレナンとブースが現場に駆けつけると、被害者の頭部は行方不明になっていた。新入りの院生ウェンデルの見事な鑑定眼により、遺体は25歳のSF作家ジャレッド・アディソンのものと判明。被害者は強迫性障害を患い、細菌を異常に恐れていた。
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第5話 血染めのエレベーター
エレベーターシャフトの中から、周囲から嫌われていたオフィス・マネジャーの遺体が発見される。ブースとブレナンが最近解雇された元従業員や、被害者の上司に話を聞くと、彼らが被害者であるマネジャーに対し不満を抱えていたと分かる。一方、冷酷で病的なほど現実的な院生は、独自に事件を分析。ホッジンズとアンジェラは破局後の二人のあり方を模索する。
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第6話 聖人の秘密
チェサピーク湾で遺骸が発見され、ブレナンとブースが捜査に乗り出す。上半身のみの遺体から得られる手がかりは、唯一、豊胸手術の痕。ブレナンとブースは、被害者が牧師を務めていた教会がある、メリーランド州の小さなコミュニティに向かう。しかし、二人は彼女がこの小さな町に移り住む前の5年間の足跡をたどることができない。
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第7話 デス・アート
有名アーティストの押しつぶされた遺体が自動車処理場の車で発見され、ブースとブレナンは、被害者の死が殺人かを探る。アーティストのライバルと彼の助手が容疑者に浮上。芸術作品として問題の車が没収され、アーティスト自身が作品の一部となった究極のデスアートとして展示される前に、ブレナンたちは殺人の証拠を見つけられるか。
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第8話 過去からの訪問者
強制捜査訓練の不手際から遺体が発見され、ブースとブレナンが現場を検証。遺体は、ある貧しい発明家の父親で、最近息子と再び交流を持つようになった男のものだった。2人目の遺体が発見されると、発明家にとって誰が本当の詐欺師だったのかが分からなくなる。そんな中、ブレナンは、DCに移り住みペンタゴンの職に就いたブースの弟とデートに出かける。
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第9話 殺人フライト
ブレナンは先史時代の人骨を鑑定するため中国に向かい、彼女の繊細な機材を見守る名目でブースも付き添いで同行。安らぎの時間もつかの間、客室乗務員が飛行機の業務用オーブンの中から焼け焦げた遺体を発見する。
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第10話 良い親の条件
頭部をはじめ様々な部位の人骨が、国立森林保護区にある木の上で発見され、捜査に乗り出すブレナンとブース。ジェファソニアンに戻ったブレナンは、疎遠になっていた父親が新たに教師となったことを知る。ブレナンは父親の殺人容疑の無罪判決を快く思っていなかった。一方幸運にも、被害者の骨が政府のデータベースで、3年近くも消息を絶っていた元海兵隊員のものと一致する。
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第11話 潜入! サーカス団
テキサスとオクラホマの州境の砂漠地帯にある墓地で、結合双生児の遺体が発見された。ラボの鑑定で、白骨遺体は巡業サーカス団でジャグリングをしていたジェニーとジュリーのものだと判明。サーカスの人間は結束が堅く決して部外者に心を開かないことを知り、ブレナンとブースは双生児の死についての情報を得るため、サーカス団に潜入捜査を試みる。
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第12話 殺意のリンク
氷穴釣りをしていた父と息子が凍結した死体を発見。ブースとブレナンが捜査に乗り出す。遺体は数週間前にブースが乱闘したホッケーチームのメンバーだと判明、ブースが有力容疑者となる。そこで、FBI捜査官のペイトン・ペロッタがブレナンの助手として捜査に加わる。
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第13話 英雄の過去
捜査中の墓堀人事件について、連邦判事と連邦検事から呼び出されるブレナン、ホッジンズ、作家のトーマス・ベガ。そこで三人は事件の証拠品が最近紛失したと知らされる。ブレナンとホッジンズは墓堀人事件の元被害者で、トーマス・ベガは事件についての本を書いていたため、証拠品盗難の有力容疑者とされていた。
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第14話 洞窟のプリンセス
中学生が、中世の王女の恰好をした女性の腐乱死体を発見。チームは捜査のため現場に向かう。ブースが背痛で休養を余儀なくされていたため、ペイトン・ペロッタ捜査官が捜査に加わる。自称オタクでSF用語に詳しいコリン・フィッシャーの分析で、被害者の女性は“イマジコン”というコンベンションの会場で働くコンパニオンガールと判明する。
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第15話 溶ける骨
カップルが結婚式の一環で、橋の上からバンジージャンプで飛び降りると、谷底に横たわる死体が目の前に。恐怖に襲われたカップルの結婚式は台無しになり、ブースとブレナンは岩に囲まれた谷底を歩いて下りていき、遺体を調査する。二人は、男性が橋から落とされる前にすでに死亡していたと断定、自殺の可能性を否定する。
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第16話 母親クラブ
町の凍結防止用トラックに積まれた岩塩の山の中から、石化した遺体が発見され、ブースとブレナンが捜査に乗り出す。被害者は16歳の高校生で3週間失踪していたアシュリーと判明。当時、彼女は妊娠していたと分かる。
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第17話 愛する者との再会
病院のチャリティーイベントの後、トラの檻の中で半分食われた遺体が発見される。ブースは事故の可能性を否定。被害者はアンドリュー・ウェルトン医師と判明。カムは以前、ウェルトン医師と婚約し、10年前に同棲していたと打ち明ける。ショックを受けるカムだが、自ら捜査に加わり犯人逮捕に乗り出す。
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第18話 天才物理学者の誤算
粉々になった遺体が写真撮影のロケ地にあったゴミ袋から発見され、ブースとブレナンが捜査に乗り出す。隕石のかけらが被害者の耳から検出され、二人はDCで物理学研究で有名なカラー科学研究所を訪れる。研究所関係者から情報を集めたところ、遺体はダイアン・シドマン博士であることが判明。
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第19話 理想の結婚
リサイクル工場で圧縮された段ボールの表面に聖母マリアの形のシミが浮かび上がり、ブースとブレナンが現場へ向かう。聖母マリアのシミは奇跡ではなく、人間の血が乾いたものだと判明。ハコを開けると、圧縮されたダンボールの中に平たくなった遺体を発見する。
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第20話 十字架の骸骨
ノルウェーで開かれたデスメタルバンドの舞台の飾りに、本物の骸骨が使われているのが発見される。ノルウェー警察は被害者がアメリカ人だと断定。ジェファソニアン研究所では、遺骨からアメリカ人で構成されるアングラのデスメタルバンドを割り出し、被害者はスピューというバンドのベーシストを務めるメイヘムだと突き止める。
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第21話 ライリー家の秘密
ジェファソニアンのエジプト学部門に所属する研究員が心不全で死亡。チームのメンバーが全員別れの会に参加する。ところがブレナンは遺体に他殺の痕を見つけ、ブースの協力のもと、遺体を秘密裏に運び出してカムとともに再検死する。
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第22話 仮面をかぶった女
ブースの友人で警察官のケン・ナカムラが東京から半狂乱で電話をよこし、彼の妹サチがワシントンで行方不明になっていると告げる。ブースとブレナンが捜査を開始したところ、用水路でサチの切断された頭部が見つかる。
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第23話 マスコット殺人事件
吊るし上げられたライバル校のマスコット、カワウソの着ぐるみの中から遺体が発見される。被害者は死後着ぐるみの中に入れられたのか、ミドルセックス大学のスポーツ壮行会の間に殺害されたのか。一方、ブースは弟のジャレッドが海軍から不名誉除隊した後、職探しを手伝う。
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第24話 赤ワインは血の香り
ワインの試飲会で、ワイナリーの樽の中から遺体が発見され、チームが捜査に当たる。被害者はワイン評論家で、彼の辛辣な批評はワイナリーを倒産に追い込むほどの影響力があった。一方、ブレナンは子供を産もうと決心し、ブースに父親になってほしいと持ちかけ彼を驚かす。
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第25話 「ザ・ラボ」殺人事件
人気ナイトクラブ「ザ・ラボ」で殺害された遺体が発見されると、皆が容疑者となる。今回のエピソードは通常のストーリーとは打って変わり、ジェファソニアンのメンバーがナイトクラブの従業員や地元の警察官など、それぞれ別の設定で登場する。
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第1話 楽園の果て
霊能者の予言に導かれ、ブレナンとブースは噴水の下から複数の遺体を発見する。一方、昏睡中に見た夢の影響でブレナンに恋していると思い、ブースは戸惑う。歌手のシンディ・ローパーが霊能者役でゲスト出演。
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第2話 ジェームズ・ボンド殺人事件
ロシア人スパイと思われる遺体が見つかり、ブレナンとブースは捜査を始める。やがて被害者がひかれた車がボンド・カーと同じ車種と判明し、さらに見つかった車のトランクからは別の遺体とワルサーPPKが発見される。
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第3話 悲しみの旋律
列車の線路上でアーミッシュの少年の遺体が発見される。そして彼の部屋に隠された石のコレクションから意外な事実が判明する。厳しい規律の下に育てられた彼が求めたものは、一体何だったのか?
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第4話 隣人の秘密
郊外の住宅地で開かれたバーベキュー・パーティーで黒こげの遺体が見つかる。被害者は近所に住む男性と判明し、小さなコミュニティ内での複雑な人間関係が徐々に明らかになる。
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第5話 心の血を流した少年
遺体発見の通報を受け、駆けつけたブレナンたち。なんと発電所のフェンスに縛られた遺体は3000年以上前のミイラだった! メンバーはその正体を探ると同時に、ミイラに残された血痕の分析も進める。
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第6話 チキンファーム殺人事件
ガールスカウトの少女たちがキャンプ中に川で男性の遺体を発見。アンジェラの作成した復顔画像から、メンバーはニワトリ男の存在を疑う。やがて彼が養鶏場に勤めていたと判明し、その養鶏場に対する抗議団体の存在も明らかになる。
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第7話 カインとアベル
陥没した道路で、緑に変色したミゼットプロレスラーの白骨死体が発見される。地下通路の存在から、被害者がある犯罪に手を染めていた疑いが。事件の裏に隠された悲恋とは?
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第8話 愛の形見
売り出し中の家で、灰になった遺体が発見される。ブレナンが分析を進める内、被害者は2人であったと判明する。一方、ブースの祖父が療養所でトラブルを起こし、ブースと暮らすことになるが…。
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第9話 天才ゲーマーの真実
アーケード・ゲームの世界王者が遺体で発見される。捜査を進めるブレナンとブースは、彼の世界記録にはある秘密が隠されていたことを知る。
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第10話 聖夜の誓い
サンタ姿の男が銀行を襲撃した後、自爆死する。共犯の存在を突き止めたブースは捜査を開始する。一方、ブレナンは初対面した親戚のマーガレットとクリスマスを一緒に過ごすことになるが…。
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第11話 X-ファイル・イン・ロズウェル
ロズウェルの砂漠で発見された遺体は、宇宙人そっくりだった! 被害者としてUFOマニアの女性が浮かび上がる。そして遺体からは彼女が飲み込んだと思われるSDカードが見つかり、謎の映像が保存されていた。
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第12話 JFKの真実
政府関係者から謎の遺体の調査を命じられたブレナンたち。しかも、分析が済むまでラボは封鎖されることに。分析を進めるうちに、この遺体はJFKのものである可能性が出てくる。
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第13話 埋められた歯科医
南北戦争体験場で、男性歯科医の白骨死体が発見される。ゲイの元恋人や歯科衛生士など複数の容疑者が浮かび上がるが…。一方、ブースの弟が突然現れ、出会って間もない女性と結婚すると言う。
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第14話 天使と悪魔
教会で尾と角がある焼死体が発見される。被害者の青年は心を病み、自らを「悪魔の子」と呼んでいた。ブースとブレナンは、スイーツと共に青年が治療を受けていた精神科病院を訪れる。
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第15話 魂の伴侶
地震の影響で地下鉄事故が発生し、事故現場から腐乱した遺体が見つかる。被害者は代書を仕事とする目の不自由な男性と判明。ブレナンを取材する日本人ジャーナリスト役として松田聖子が登場!
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第16話 二人の絆
スイーツが書いた本をきっかけに、ブレナンとブースは初めてコンビを組んだ事件について回想する。思い出すうちに、2人の間に起こった意外な事実が明らかになる。
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第17話 同窓会殺人事件
ブレナンが通っていた高校の近くでバラバラ死体が発見される。高校時代に起こった未解決事件との関連を疑うブレナンは、ブースと夫婦を装い同窓会に参加し、潜入捜査を開始する。
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第18話 命の海の法則
海岸に打ち上げられたサメの体内から人の足が見つかる。捜査線上に浮かんだ水族館を訪れたブースとブレナンの目前で、今度は巨大魚が人間の頭がい骨を吐き出す。
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第19話 殺しのセッション
ホテルの業務用洗濯機の中から遺体が見つかった。ブレナンとブースは、被害者が毎年参加していたというロック愛好家のために企画された“ファンタジー・キャンプ”に参加する。
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第20話 魔女たちの饗宴
火事で全焼した家屋のタンスから2体の白骨死体が見つかる。1体は家主のものと判明し、ドレスを着たもう1体はセイラムの魔女裁判で殺された女性である可能性が浮かび上がる。
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第21話 正義の行方
ブレナンやジャック、ブースを襲った“墓堀人”ことタフェットの裁判が開廷。証拠が取り下げられるなど劣勢に追い込まれたブレナンたちは、タフェットの犯行を立証するため全力を挙げて手がかりを探す。
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第22話 新たなる旅立ち
アパートの一室の天井が崩れ、上階から大量のガラクタと白骨化が進んだ遺体が落ちてくる。被害者の男性は、物が捨てられない“ため込み魔”だった。
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第1話 再開のとき
カム所長を守るため、チームは再び法医学研究所に集結する。最初は情熱に欠けるブレナンたちだったが、久しぶりの捜査作業に取り組むうちに喜びが湧いてきて…。
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第2話 洞窟の二人
国立公園の中でカップルの遺体が発見される。そんななか、ブースの新しい彼女でジャーナリストのハンナが不意に現れ…。
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第3話 ジャージーショア殺人事件
ジャージーショアで若い男性の遺体が発見され、チームは調査を進める。一方、ブースはハンナと一緒に暮らす決意をする。
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第4話 ボーンズvs.賞金稼ぎ
ゴミ箱の中から、切断された男性の手の骨と頭部が発見された。調べから、被害者はベテラン賞金稼ぎの「ウルフ」であることが判明する。
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第5話 コンクリートに消えた骨
建設現場のコンクリートの中から、若いダンサーの遺骨が発見される。やがて容疑の目は、被害者と秘密の関係を持っていた女性へと向けられる。
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第6話 クルーズの甘い罠
研究所に、150年前の奴隷船に乗っていた大量の遺体が運び込まれる。その中から、ピンク色の物体に覆われた、死後約1ヶ月の遺骨が出てくる。
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第7話 チョコレート殺人事件
チョコレート会社のイベント会場で、巨大な板チョコの中から遺体が発見される。被害者は、チョコレート会社の女性社員だった。
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第8話 溶けた骨の真実
爆発炎上したトラックの中から、溶けたように見える遺骨が発見される。事件の背後には、男女関係のもつれがあるように見えたが…。
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第9話 私の中の彼女
雨が降る夜、倒木の根本に絡みついた女性の白骨死体が発見される。ブレナンと被害者には数多くの共通点があるようだが…。
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第10話 模倣の果て
とある女性の家のバスルームで、20代の女性の遺体が見つかる。骨の特徴と残された遺品から、被害者は中国系の女性だということが判明する。
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第11話 復讐と正義
上告のために法廷に移送された墓堀人は、裁判所の前で何者かに射殺される。疑惑の目は、墓堀人被害者の父親に向けられる。
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第12話 三姉妹の秘密
トウモロコシ畑で、男性の遺体が発見される。被害者は3人の女性と結婚しており、しかもその3人は姉妹だった。
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第13話 危険なスタント
ビルの屋上に、黄色いカビに覆われた遺体が出現。骨折の痕と付着物から、被害者はスタントマンだったということが判明する。
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第14話 バレンタインの出来事
バレンタインの日にウェディング・プランナーが死体で発見される。ブレナンとブースは容疑者候補である花嫁の父に会うため結婚式場へ向かうが、DNA検査を拒否されてしまう。
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第15話 善と悪の境界
殺し屋が連続殺人を実行する。彼が狙うのは罰を逃れた悪人ばかりで、今回の被害者は偽造犯。ブースは、連邦保安局に内通者がいると確信する。
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第16話 吹雪の日の出来事
大雪の朝、遺体が研究所に届く。被害者はクリミア・コンゴ出血熱を患っていたことが判明。伝染病が大発生する危険があることから、早急に犯人を逮捕しなければならない。
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第17話 国境の遺体
カナダとの国境の川岸に、複数の人間の足が流れつく。足のそばにあったスニーカーから、被害者は大学院生であることが判明する。
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第18話 伝説を葬った男
森の中で、胸が裂かれた腐乱死体が発見される。遺体の状況から判断して被害者を殺したのは未確認動物かと思われた。
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第19話 財宝船殺人事件
フロリダの湿地で、義眼の腐乱死体が発見される。被害者は博物館の警備員で、失踪する直前に展示品である18世紀の財宝船の海図を盗み出していた。
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第20話 プランターの骸骨
コミュニティーセンターのプランターの中から、男性の腐乱死体が出現する。被害者は成功した実業家だったが、正直さを奨励する会に入会以来、思ったことを何でも口にするようになり、仕事を失い、多くの人々の恨みを買っていた。
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第21話 沈黙の告発
警官が路地で血まみれの少女とナイフを発見する。ブレナンたちは法医学を駆使し、誰かを殺したらしい少女と被害者の身元を調べる。
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第22話 心の傷
ブロードスキーが恋人の墓参りに現れる。ブースが墓の前に置かれた携帯を見つけると、ブロードスキーから電話がかかり、次の標的はブースだと告げられる。
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第23話 新しい絆
ボウリング場で、バラバラになった人骨が見つかる。ブレナンとブースは、変装してボウリング大会に潜入し、殺人事件の容疑者を突き止める。
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第1話 埋もれた記憶
州立公園で頭部を損傷した腐乱遺体が発見された。アンジェラの復顔で、被害者が過去に2度失踪届けを出されていたクレアという女性だと判明。彼女の夫で牧師のセラーノは、クレアが最初の失踪から戻った時に記憶を失くしていたと話す。
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第2話 フードファイター殺人事件
アパートの一室で大型ヘビ用のテラリウムに倒れて上半身をネズミに食べられた遺体が見つかる。やがて被害者がフードファイターのティナだと判明。彼女はフードファイト界のスターだった。
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第3話 悲しきプリンス
ゴミの不法投棄所でラップに包まれた遺体が発見される。ラップに残った手の跡から被害者がオモチャ会社の重役デビーだと判明。彼女は少女に人気の王子様人形と一緒に遺棄されていた。ブレナンたちはCEOのビアンカからデビーが優秀だったと聞く。
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第4話 小包にされた男
ブースの祖父ハンクが突然現れ、ブースに父の訃報を知らせる。ブレナンは彼を心配するが彼は父の死に関心を示さない。その矢先、郵便小包の中からバラバラ遺体が発見された。
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第5話 竜巻の真相
キャンプ場でフェンス板が刺さった遺体が見つかる。遺体には強い摩擦跡が残っていた。ジャックの調べで死後5週間程経っていた事が判り、その頃大きな竜巻があった事を思い出す。
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第6話 暗号は背骨の中に
歴史博物館のリンカーン像の足元に頭蓋骨と背骨だけの遺体が置かれていた。像には血文字が書かれ、その血液には5人分のDNAが含まれていた。分析の結果その5人のDNAが全てFBI捜査官のものだと判明する。
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第7話 消えた囚人
ある家庭のトイレから、下水から流れ込んだ人骨の一部と眼球が発見される。眼内に残されたレンズの製造番号から、被害者が4週間前に刑務所から脱獄したラゼブニクと判明。ジャックが下水管をロボットカメラで調べたところ、その下水管が刑務所に繋がっている事を突き止める。
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第8話 ハイウェイの死体
ハイウェイ上で車に轢かれた女性のバラバラ遺体が発見されるが、頭部だけが見つからず、ブレナンは頭部を切断された後で路上に投げ出されたと考える。遺体にはディーゼル燃料が付着し、下着にはクーポンが隠されていた。
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第9話 青い死体
ゴミの埋立地で青く染まった鳥が大量に死亡し、その中から青い遺体が発見される。遺体は化学物質にさらされ、頭皮と髪の毛がはがされていた。アンジェラの復顔から被害者が高級サロンの人気美容師サンティアゴと判明した。
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第10話 いじめの結末
森の中から腐敗した遺体が見つかる。被害者は30代前後の男性で刺し傷があった。やがて被害者は妻から失踪届けが出ていたトニーと判明。彼の妻は、トニーが仕事上でカールというライバルが現れた事でストレスを感じていたと言う。
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第11話 一族の争い
ウェストバージニアの森の中で木に貼り付けられた遺体が発見された。被害者は近隣に住むタグ・バブコックと判る。タグの息子たちに話を聞くと、彼らは谷の反対側に住むモブリー家の仕業だと言う。両家は100年もの間憎み合っていた。
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第12話 ハリウッド殺人事件
ブレナンの小説が映画化され、ブレナンはブースと一緒にハリウッドの撮影スタジオに来ていた。撮影を見たブレナンは、科学的に正しくない表現が多いとスタジオの副社長マンディに不満を告げる。その矢先、セットの小道具にまぎれて本物の遺体が見つかる。
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第13話 決断のとき
ハミルトンの動物保護区でオオカミに食べられた遺体が発見される。ブレナンは骨折痕などから、被害者が自分の大学院時代の友人イーサンだと気付く。その直前何者かに携帯の着信音がオオカミの遠吠えに勝手に変えられていた事もあり、犯人はペラントだと断言する。
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第1話 未来への一歩
失踪してから3か月、ブレナンは未だ父と幼い娘と共に逃亡生活を送っていた。ある日、白骨遺体が見つかる。遺体は、10年前に行方不明になった高校のカウンセラーで、その高校にはペラントが通っていたことが判明する。一方ブースは、ペラントを執拗に付け回していたのだが…。
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第2話 仮面夫婦の真実
ホームレスが、焼けた肉の臭いを辿って焼死体を発見、心臓手術の痕から、離婚弁護士のリチャード・バートレットと判明する。リチャードは非情な男で顧客から恨まれていたと妻が証言、殺害当日に会っていたカーマイケル夫妻に聴取すると彼らはすっかり仲直りしていた。
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第3話 もう一人の自分
駐車場で大爆発が起こる。キャロリンから昇進をちらつかされたブースは、デスクワークに専念する。スイーツは、新人の女性捜査官スパーリングと組むことになり、復顔作業から判明した被害者ロバート・カールソンの妻に訃報を伝えに行くが、そこへカールソン本人が現れる。
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第4話 悲しきペット
ぬかるみにはまった車のタイヤの下から、遺体が発見される。被害者のジャレッド・ドリューは、ペット博の清掃をしており、排泄物から希少なアムールトラの上皮細胞が見つかる。ペット博の責任者ニーブリングは、ペット博は合法で被害者のことは知らないと言い張る。
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第5話 殺しのレシピ
ゴミ回収車が、体中に切り傷のあるむごい遺体を発見する。アンジェラが削り取られた顔の断片を分析するとアップル・ソース店の経営者の一人ジェシカ・ピアソンと判明する。共同経営者のブルックは、精肉店のアダムが、ジェシカにつきまとっていたと証言するのだが…。
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第6話 あの日を忘れない
ブレナンは、実習生のフィッシャー、バジリ、フィン、ウェンドルの4人と考古学博士のエジソンの実力を見込んで、無数の行方不明者の身元特定を指示する。バジリが選んだのは、撲殺されたホームレスだったが、この被害者が怪我を負ったのが2001年9月11日だと判明する。
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第7話 証拠なき殺人
海岸でゼラチン化した遺体が発見される。遺体は事件現場を清掃する仕事に就くチャールズ・ミルナーと判明。妻の連れ子でミルナーを手伝っていたデイビーに疑いがかかる。彼はミルナーの浮気の事実を知っていた上に、事件現場の清掃を手伝い証拠を消すのに慣れているのだ。
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第8話 人気コメディアンの死
看板荒らしが足を滑らせ、運悪く腐乱遺体の上に落ちる。接着剤のせいで遺体が背中から剥がれずそのままラボへ。遺体は剥がされ、被害者は電話セールスのモーガン・ドネリーと判明。彼の上司は、ドネリーが自分の元カノと付き合っており、彼女が怒鳴り込んできたと証言する。
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第9話 魂の宿る骨
温室ハウスで遺体が発見された。被害者の頭蓋骨を置いたラボにアンジェラが霊能者のアバロンを連れてくる。彼女は、被害者の声が聞こえ、皆を見ていると言うが、ブレナンは信じない。復顔から14歳のコリン・ギブソンと判明、さらに1年ほど前に遺体は移動させられていた。
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第10話 輝く骨の秘密
採石場でダイヤに包まれた遺体が発見される。骨修復の痕からアスリートだと推測、ダンサーのカタリーナ・ワーズと判明。彼女は、TV番組の選考会に出場予定だった。かつてダンス教師だったと豪語するブースは、ブレナンと共にダンサーのバック&ワンダとして潜入捜査する。
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第11話 繭の中の考古学者
繭に包まれた遺体が発見され、冒険家で考古学者の作家、ジェームズ・サットンと判明する。チェチェン共和国で結婚した身重の妻は、サットンがロシアから何かを持ち込んだ後様子がおかしくなったと言う。ブースとブレナンが保管庫に行くと、何千年も前の人骨が保管されていた。
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第12話 悪魔の帰還
ジャックとアンジェラ夫妻の寝室の天井から無残な遺体が見つかる。ジャックたちは通気口からガスを入れられ眠り込んでいた為、侵入者に気がつかなかった。皮膚を剥ぎ、そして花を残す手口からペラントの仕業と推定される。骨の形跡から、被害者は特殊部隊にいたことがわかる。
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第13話 最後のメッセージ
散歩中の夫婦が白骨遺体を発見するが、検証中にもう一つの遺体も見つかる。遺体の一つは、肺がんで亡くなったモニカ・クレイグと判明。その場所は自然葬を行う会社が借りていた土地で、モニカは埋葬されていた。もう一つの遺体は、モニカの葬式コンサルトと判明するが…。
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第14話 ローラーゲーム殺人事件
食肉処理場でバラバラ遺体が発見される。ブリッジの製造番号から32歳のメリンダ・パーキンスと判明。彼女は、殺害場所と同じ施設内にあるローラーゲーム・チームのメンバーだった。アンジェラがメリンダの後釜を決めるテストに挑戦し、潜入捜査することになる。
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第15話 母との再会
橋の下で男性らしき遺体が見つかった。ブースと喧嘩したブレナンは、夜遅くにラボに戻り被害者の死因を検査していた。挨拶に来た警備員のハルと話をした直後、ブレナンは何者かに撃たれてしまう。心配して来たブースが発見するが、ブレナンは生死をさまよい亡き母と出会う。
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第16話 危険なパーティー
ホームレスが川辺で拾ったスーツケースから遺体が出てくる。被害者は、2週間前に失踪した15歳のマニーと判明。部屋からは不相応な大金が見つかる。ガールフレンドのキャットが、最後に彼に会ったのは2週間前のパーティーで、渋る彼を説得して連れて行ったと言う。
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第17話 未来から来た死体
ある男性が、農作業中に農機具で遺体を轢いてしまう。身元が判明し、被害者ベンジーの兄の自動車整備工場を訪ねたブースとスイーツは、ベンジーがコートニーという女性と最近別れたと聞く。コートニーを聴取すると、ベンジーがタイムトラベルの実験をしていたことがわかる。
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第18話 癒やされぬ過去
危険廃棄処理施設のドラム缶から遺体が見つかる。失踪届けが出ていた西アフリカ出身のシムチェイ・コンテと判明、一人暮らしだが、部屋で誰かが寝た形跡があった。シムチェイが弁護士事務所で難民支援をしており、2年前に不法滞在の男を追い返したことが判明するが…。
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第19話 終末に備える人
バージニアで焼死体が発見される。遺体は損傷が激しく頭も切断されていた。被害者は、ディアナ・バルピエソと判明。元海軍の軍曹で、12か月前に友人との喧嘩が原因で除隊していた。調べをすすめると、ディアナが終末に備えて自衛準備をするサバイバリストだと判明する。
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第20話 胃の中のダイヤ
組織が乾燥し顔が変形した死体が放置された車の中で発見される。腹部を開くと胃の中から、ダイヤの入った袋が出てきた。復顔画像から被害者の身元が割れた。Q.コールズと呼ばれた被害者は、犯罪歴があるのにダイヤの卸業者「オスカー・ダイヤ」で警備員として勤務していた。
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第21話 法廷ゲームの結末
廃墟ビルで頭蓋骨が発見される。復顔と行方不明者の写真がマッチし、TVプロデューサーのレベッカ・ピアース25歳と判明する。彼女は本物の裁判を放映するテレビ番組「市民法廷」を担当していた。レベッカは番組で過激な演出をしており、私生活でもトラブルを抱えていた。
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第22話 許しのとき
ビルのがれき処理の最中、掘削機に遺体がひっかかる。面ファスナーとTバックから男性ストリッパーと推定される。ふくらはぎに入っていたインプラント製造番号から投資会社に勤めるジャック・スピンドラーと判明。ジャックは無欠勤で優秀な社員で、報酬も十分にもらっていた。
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第23話 殺人ウイルスの恐怖
ジェファソニアン研究所の施設に獣医療廃棄物と一緒に遺体が放棄されていた。感染症の疑いがあり、施設は封鎖され、厳戒態勢になる。身元の特定は難航したが、ブロガーのミア・ギャレットと判明。その矢先、遺体を動かそうとしたバジリの指に顕微針が刺さって感染してしまう。
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第24話 悪魔の罠
閉鎖していた国立公園のピクニック場で遺体が発見される。復顔とFBIのデータから、ブースの新人時代の相棒でFBIを退職したアラン・フリードランダーと判明。犯行を誇示する一連のやり方はペラントの仕業と思われた。新たな殺人が起き、またしても被害者はFBI捜査官だった。
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第1話 プロポーズの秘密
ホテルの空調設備の中で遺体が発見される。ブレナンは、被害者が宿泊していた部屋にウオッカで拭き取った血痕を見つけ、衝動的な殺人だと推理するが、散乱した遺体の回収作業は難航する。ブースとスイーツが身元の判明した被害者のアパートへ行くと、何者かが窓から逃げ出した。その男はブースの戦友で、CIAのダニーだった。
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第2話 夫婦セラピーの罠
街のゴミ箱から遺体が発見され、経営コンサルタントのアダムと判明する。彼の妻によると、夫は海外出張中のはずだと言う。遺体に付着していた土を調べると、バージニアの先住民居留地のものだとわかる。そこには結婚セラピーの合宿所があり、アダムは妻ではなく愛人と参加していた。ブースとブレナンは偽名で潜入捜査を開始する。
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第3話 ギャング団の真実
黒焦げの車から焼死体が発見される。被害者はギャング団に所属するデルカンポだった。彼の恋人は終始捜査に非協力的だったが、彼女の息子とスイーツは顔見知りで、スイーツは少年を劣悪な環境から救いたいと考えていた。事件はギャング団同士の抗争と思われていたが、遺体の頭蓋骨に不可解な銃創が見つかり意外な方向へと進展する。
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第4話 悪魔のパズル
スイーツの発案で、献体された遺体に細工を施して遺棄し、ペラントをおびき寄せることに。万事順調に進み、ブレナンとブースに遺体発見の知らせが入る。一同は現場へ駆けつけ遺体を調べるが、シナリオどおりに発見されたかのように見えた遺体は、彼らが用意したものではなかった。そして遺体の主が判明し、一同は愕然とする。
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第5話 死ぬまでにやりたいこと
崖にぶら下がった遺体が発見された。遺体はタカに食べられていたため、ブレナンとブースはタカを捕えてラボに持ち帰る。被害者は高校の校長だったチャーリーと判明。彼は自分が余命わずかと知り、死ぬまでにやりたいことを実行していた。ラボではジャックが、タカの未消化物から証拠を見つけるため、吐き戻すのを根気強く待っていた。
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第6話 すべてが始まる日
ブレナンとブースの結婚式を翌日に控え、一同は式のリハーサルに臨む。そこへ遺体発見の知らせが入り、2人は周りの反対を押し切って捜査に向かう。しかし、遺体は35年前のものだった。式の準備に専念するため、ブレナンは渋々調査からはずれる。家族も集まり結婚前夜のディナーに出かけようとした時、教会が火事で焼失してしまう。
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第7話 完璧なハネムーン
ハネムーン先でのんびり過ごすことに飽きてしまったブレナンは、ブースを連れて遺体安置所へ。集団墓地から発掘された“消えた人々”の骨を見せてもらうが、遺骨の1つが最近のものであることに気づく。地元警察の捜査の手伝いを申し出た2人は、ジェファソニアンの協力も得ながらハネムーン中にも関わらず殺人事件の解明に乗り出す。
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第8話 ダムの中の死体
ビーバーが作ったダムの中から遺体が見つかる。被害者はノーランという男性と判明し、精子バンクを通じて精子の提供をしていたが、学歴詐称が発覚して契約を解除されていたことがわかる。一方、ブレナンは著作を巡って作家のテス・ブラウンと対立。意に反して批判合戦となり、2人はテレビカメラの前でバトルを繰り広げることになる。
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第9話 怒りの陪審員
妻殺しの容疑がかかった元サッカー選手の裁判が始まり、ブレナンは陪審員の1人に選ばれる。ラボでは、海岸で発見された男の遺体の調査が行われ、被害者は、裁判で容疑者に不利な証言をする予定の証人だった。ブースたちは容疑者が口封じのために殺したのではないかと疑うが、裁判中で隔離されているブレナンにそれを伝えることができない。
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第10話 シチューにされた男
学校給食のシチューから人骨や人肉が見つかる。ブレナンたちは提供元の食品加工工場へと出向き、遺体が入っていると思われる缶詰を回収する。被害者は食品科学者ハワード・コンプトンと判明し、ブレナンとブースは、彼と商品開発に携わってきた女性を訪ねる。一方、アンジェラは、ブレナンとの間に距離ができているのを感じていた。
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第11話 数式が導く人生
野原で発見された少女の遺体には、全身に多数の骨折があったため、日常的に虐待されていた疑いが浮上する。復顔の結果、全米屈指の物理学者ワッターズ博士の娘と判明する。博士は1年前に妻も亡くしていた。娘の死を告げても数式を書き続ける博士を見て、ブースは彼が怪しいと決めつけるが、ブレナンには彼の行動が理解できるのだった。
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第12話 姿なき殺人犯
ペラントの悪夢に悩まされるブレナンの自宅に、白骨化した遺体が配達される。そこには“私の死の真相を調べて”と書かれたメモが添えられていた。被害者は1995年に18歳で溺死したヨット選手と判明する。ブレナンは、ペラントが示した未解決事件との類似性を指摘し、連続殺人犯に殺されたと主張するが、なかなか聞き入れてもらえない。
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第13話 つらすぎる真実
コヨーテに掘り起こされた男性の遺体が発見される。被害者は無名のカントリー歌手、コリン・ヘインズと判明する。明らかに貧しい生活を送っていたにもかかわらず、彼の部屋には高額の小切手が。そんな中、ウェンデルがホッケーの試合中に骨折。その時の映像を見たブレナンは骨折原因を不審に思い、本人に内緒でX線写真を取り寄せる。
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第14話 チェスマスターの誤算
豚のエサの中から、バラバラになった男の遺体が見つかる。容疑者の男は、庭に捨てられていた遺体を切断して豚に食わせただけだと殺害を否認する。男の証言から被害者がチェスプレーヤーのマグナソンと判明。以前チェスにハマっていたスイーツは、マグナソンが所属していたチェスクラブへ出向き、会員たちと対戦しながら情報を探る。
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第15話 ある令嬢の死
国立公園内で、足の小指が切り落とされ地中に埋められた女性の遺体が見つかる。被害者は大企業のCEOの娘で、彼女の死を知らされた父と継母は愕然とする。2人は、娘が2日前に誘拐され、犯人から警察への通報を止められていたと話す。そこへ誘拐犯からの脅迫メールが届くが、なぜか犯人は彼女が死んだことを知らないようだった。
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第16話 湖に沈んだ希望
湖でバッグに入った遺体が発見される。被害者はアフガニスタン出身の女性サリーで、テロリストの情報を提供し、兄と共にアメリカへ政治亡命していた。ブレナンとブースが兄に会いに行くと、そこにCIAのダニーが現れる。一方、ラボでは、デイジーが骨の小さな傷に気づき、サリーは特殊部隊用の特注ナイフで刺されたことが判明する。
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第17話 浄化槽の遺体
浄化槽の中から溶けた遺体が見つかる。タンクに残っていた皮膚のタトゥーから、被害者は受刑歴がある回収屋のベニーと判明する。ベニーは車で事故に遭った後、誰かから逃げようとしたが浄化槽に入れられ溺死したこと、車には同乗者がいたことなどがわかるが、すでに車は解体され、残っていたのは事故直後の写真だけだった。
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第18話 クズの中の遺体
クズという植物で全身を覆われた遺体がラボに到着し、子供番組を降板した俳優と判明する。その後、被害者のツイッターに何百通ものメッセージを送った女性が容疑者として浮上する。一方、娘クリスティンの誕生日が近づき、ブースはパーティーの計画を立てるが、子供の頃に誕生会を開いてもらったことがないブレナンは、必要ないと言う。
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第19話 骨壺の中の富豪
ブレナンとブースは大富豪トッド・ミルガの葬儀へと出かけるが、そこへトッド本人が現れる。彼のセーフルームで見つかった遺体は腐敗が進んでいたため、状況からトッドと見なされたのだった。発見時の写真から、死亡直後の顔を復元すると、トッドの旅行の手配や古美術品の収集を請け負っていたダニエルだと判明。トッドに容疑がかかる。
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第20話 生きるための選択
国立公園の古木の中から遺体が発見される。被害者アビーは難病を患っていて、医者の勧めで激痛軽減のために医療大麻を使用していた。ラボでは、ウェンデルが自分も医療大麻を使用していることを打ち明ける。ブレナンたちは医療大麻の使用に理解を示すが、連邦法では違法なため、カミールはウェンデルを解雇せざるを得なくなってしまう。
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第21話 不死を夢見る人々
新興住宅地の沼で女性の遺体が見つかる。付着した虫からは複数の死亡時期が推定されたが、骨髄穿刺の痕が見つかり、骨髄バンクの登録者で4ヶ月前から失踪していた女性と判明する。彼女は幼い娘を病で亡くしていたが、娘の治療をめぐって元夫と揉めていた。また、遺体を超低温で保管する“人体冷凍術”を施されていたことが明らかになる。
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第22話 付け爪の謎
森でキャンプをしていた家族が、木に吊された遺体を発見する。ゴースト・キラーの犯行と睨むブレナンは、遺体の頭蓋骨に遺伝的特徴を見つけ、被害者がトレント・マクナマラの姉ステファニーだと見抜く。衣服に付着した植物成分からマクナマラ家の庭師ドナが容疑者として浮上するが、ブレナンは彼女の骨格を見てあることに気づく。
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第23話 井戸の中のコーチ
水泳部のコーチだったブライアンの遺体が、井戸の中から発見される。水泳部ではいじめが横行し、ブライアンは学校の記者に匿名で密告していた。また、車からは派手なイヤリングが見つかり、不倫の可能性も出てくる。ブレナンとブースは、ブライアンが毎週通っていたレストランに行くが、不思議な事に、彼を目撃した人は誰もいなかった。
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第24話 陰謀の影
公聴会を間近に控えるブースに、マクナマラ家の情報を持っているという男から電話があり、待ち合わせる。しかし、男は焼死体で発見され、ブースはマクナマラ家の陰謀にFBI関係者がいると睨む。男の身元が判明し、遺体からは乳首ピアスにみせかけたメモリーチップが発見される。一方、公聴会の席で、ブースに思いもよらない事態が起こる。
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第1話 大いなる犠牲
FBI捜査官を殺害した容疑で拘置所に収監されたブースは、囚人からも看守からも目の敵にされ、過酷な日々を送っていた。見かねたブレナンは調査で得た情報を使い、担当検事を脅迫。彼を釈放させる。自分を陥れた黒幕を捜そうと必死になるブース。一方、ブレナンたちは環境保護局の職員だったクーパーという男の遺体を掘り起こし、陰謀の真相を突き止めることに。病死とされていた彼が、実は殺されていた事実を突き止めるが…。
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第2話 永遠の家族
ブレナンたちはクーパー殺害が発端となった陰謀の解明に挑戦。アンジェラは関係者の相関図を作り、クーパーと彼のカルテを偽装したデュラントが知り合いだったことを発見する。しかし彼は自分もクーパーも何者かに脅され職務上の便宜を図っただけだと釈明。一同はFBIのフーバーが持っていた極秘ファイルが何者かに引き継がれ、人々の脅迫に使われていたと考える。そんな中、フーバーの側近だったウィルソンという男が浮上し…。
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第3話 人気ホストの裏の顔
橋の下で排水溝に挟まった遺体が見つかる。復顔の結果、被害者は保守系ラジオ番組のホスト、ハッチと判明。妻と話したブースはブレナンを連れ、プロデューサーや共演者に事情を聞きにいく。リスナーからは脅迫状が多数寄せられており、過激な保守派の男が浮上。ブースは彼を取り押さえる。一方、ラボではロドルフォたちの協力で遺体から拷問の痕跡が見つかるが、その後の調査により彼がSMプレイに興じていた可能性も浮上し…。
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第4話 ビデオゲームが招いた悲劇
川岸に打ち上げられた遺体が見つかる。復顔の結果、被害者はゲームデザイナーの青年ヘイズと判明。ブレナンとブースは同居人の青年ノアに事情を聞く。その後、被害者の会社を訪ねたオーブリーはゲームの展示に大喜び。プログラマーでノアの元恋人でもあるアン、CFOのジェンから話を聞く。一方、ラボではホッジンズとジェシカの実験により遺体が落とされた橋が判明。重しのついた腕が水中から回収され、新たな損傷が見つかるが…。
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第5話 会議場の遺体
ブレナンが基調講演者を務める全米法医科学会議の会場で、燃えている女性の遺体が見つかる。鎮火後、一同は会議参加者たちが提供する道具を使って調査を開始。被害者は事件直前にホッジンズが口論していた法医昆虫学者のレオナと判明する。その後、現場に残された靴跡から厨房の従業員が浮上。彼は遺体から所持金を盗んだことを認めるが殺害は否認。ブレナンと確執があった作家のテスや、会議の理事長も容疑者として浮上するが…。
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第6話 掛け替えのないもの
野原で女性の遺体が見つかる。現場にいたヤギがくわえていた腕時計から、被害者は中国の延辺出身のミンヤンというメイドと判明。派遣会社の社長は、彼女に言い寄っていた元教師がいたと話す。その後、彼女がヒストプラズマ症だったことからコウモリの洞窟近くの家が浮上。ブースとオーブリーは地下室に大勢の中国人女性が閉じ込められているのを発見する。こうして人身売買の事実が露見し、国務省のアレックスもやってくるが…。
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第7話 ゲームマスターの末路
公園の回転遊具の下から男性の遺体が出現。所持品には貴重品や携帯電話がなく、強盗殺人が疑われる。復顔により被害者は投資運用会社の敏腕トレーダー、トビーと判明。妻の話を聞いたブースたちは彼の会社を訪ねる。金融関係者に敵対心を見せ、捜査に熱くなるオーブリー。彼には証券詐欺事件を起こした父親に捨てられた過去があった。一方、ラボでは腕の傷や頭蓋骨の骨折が発見され、頭部の強打が死因であることが判明するが…。
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第8話 消されたパズルマスター
水圧破砕現場で見つかった遺体がラボへ運ばれてくる。被害者は破砕会社に反対する活動家かと思われたが、頭蓋骨に珍しい手術の痕が見つかり、有名なパズル作家ブルックスと判明。妻のエミリアは彼の助手の女性が怪しいと話す。しかし彼女はブルックスへ脅迫電話があったことを明かし、殺害を否認。彼のライバルの男性や、彼につきまとっていた青年が浮上する。そんな中、ブレナンたちは出産を間近に控えたデイジーを気遣うが…。
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第9話 刻まれた教授
バラバラ遺体のごく一部だけがラボへ運ばれてくる。交通違反切符がたまり、パソコンで運転教習を受けなければいけないブースはオーブリーに現場の捜査を一任。彼はブレナンと共に残りの部位を回収する。復顔により、被害者は大学で心理学を教えるフェアバンクス教授と判明。ブレナンたちは彼の家を訪ね、隣人の女性とその友人たちから話を聞く。その後、彼が院生の助手と共に異常な心理実験を行っていた事実が明らかになり…。
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第10話 第200話記念エピソード
ブレナン役のエミリー・デシャネルとブース役のデビッド・ボレアナズが1950年代に演じた映画として展開される200話記念エピソード。宝石泥棒のブースは、富豪エバ・ブラガの家へ忍び込むが彼女は何者かに殺されていた。ロス市警のブレナンは、ブースの無実を主張、署長である父に停職処分を受けてしまう。そこで彼女はブースと共に、同僚のアンジェラや古生物学者のホッジンズ教授の協力を得て真犯人を捜すことにするが…。
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第11話 見えないものの存在
国立公園の木の洞から液状化した女性の遺体が見つかる。発見者のパークレンジャーに疑いがかかるが、彼は関与を否認。復顔により被害者は霊能者のジャスティンと判明し、彼女の同業者や牧師である父親が浮上する。また、ある顧客の女性から被害者へ多額の送金があったことも発覚。彼女を訪ねたブースは2人が恋愛関係にあったことを知る。そんな中、霊能者のアバロンが現れ「死者の霊にブースの力になるよう頼まれた」と話すが…。
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第12話 書店に捨てられた教師
廃業した書店で女性の遺体が見つかる。被害者は全米教育フェローから治安の悪い地区の高校へ派遣されていた教師のミアと判明。ブースとオーブリーは学校へ出向き、校長や同僚の教師の話を聞く。そこで殺人を意味するメモが見つかり、それを書いた生徒マーセラスが浮上。ブースは早速、事情聴取をする。一方、ブレナンは出版社の勧めでツイッターを始めることに。ジェシカの助言を得て、多くのフォロワーを獲得しようと頑張るが…。
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第13話 善人ベーカリー
何者かに追われる男が鉱山へ逃げ込み、爆破に巻き込まれて死亡する。皮膚にタトゥーがあったことから、被害者は元囚人のコナーと判明。彼の部屋を訪ねたオーブリーは恋人から、彼がベーカリーで働いていたことを聞き出す。店を訪ねたブレナンとブースに「元受刑者を支援している」と語る店長のブレンダー。一方、バジリはイランにいる兄が病気になったことを知り、危険を冒してテヘランへ戻ろうと考える。カミールは反対するが…。
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第14話 ミニゴルファー殺人事件
ビルから飛び降りようとした男性が窓の下にある遺体を見つける。全身の骨が鳥のフンで侵食され、前頭骨の大部分が銃で撃たれて欠損していたが、珍しい手術の痕から被害者はミニゴルフの選手、トロイと判明。早速ゴルフ場を訪ねたブレナンとブースはオーナー夫妻やライバルから事情を聞き、犯行現場となった小屋を押収する。そんな中、ブレナンに行き先を告げず出かけていた父マックスがオハイオで逮捕されたという連絡が入り…。
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第15話 砕かれたギャンブラー
ブレナンの第二子懐妊が分かり、夫婦は大喜び。そんな中、産業用粉砕機から遺体が見つかる。復顔と骨の特徴により、被害者は引越会社で働くジェフと判明。同僚の話から、彼が闇ポーカーで大金を稼いだ直後に死んだ事実が明らかになる。そこでブースは知り合いの胴元に頼み、その会場へ潜入することに。彼の依存症を知るブレナンやオーブリーは反対する。一方、ホッジンズはジェシカの提案で割れないビーカーの開発を思いつき…。
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第16話 辛口グルメリポーターのマズい事情
ダイエット合宿の参加者が森で男性の遺体を見つける。膵臓と腎臓の移植手術を受けていたことから被害者は食堂の批評をする番組のホスト、チリ・ルーベンと判明。プロデューサーが提出したDCでの取材テープには、彼がスクインツたち行きつけのダイナーを酷評する姿が映っていた。容疑者としてブースに質問を受け、憤慨するシェフのフランキー。一方、ブレナンは娘のために正しい骨の名前を織り込んだ歌を作ろうと考えるが…。
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第17話 少女の下した判決
失踪中の女子高生モリー・デルソンを捜していたボランティアたちが、林の小川で少女の遺体を発見。調査の結果、遺体はモリー本人と判明する。そこで、幼い頃の骨折痕から虐待が疑われるが両親は否認。強姦罪の前歴がある男も浮上する中、寄宿学校の寮からモリーの日記が見つかり、彼女が学校でいじめを受けていた事実が露見する。一方、お腹が大きくなってきたブレナンは、周囲の意見を無視し自分は妊娠3ヵ月だと言い張るが…。
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第18話 48時間の真実
連続殺人事件で有罪となったアレックス・ロックウェルの死刑が2日後に迫る。しかしブレナンが証拠を見直すと冤罪の可能性が浮上。だが判事は決定的証拠が見つからない限り執行は延期しないと言い放つ。真犯人を突き止めるべく、被害者全員の遺体を掘り起こし再調査するブレナンたち。助手のロドルフォは新たに針の痕を発見する。仕事仲間が浮上する中、彼らが働くベーカリーの店長が、身代わりに容疑者になると申し出るが…。
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第19話 アラーの国の殺人事件
イランへ戻ったバジリは兄の治療を成功させるが国会議員ナマジに拉致されてしまう。息子を亡くしたナマジはその死の真相を突き止めるよう要請。バジリに検視をさせる。心配したカミールはブースと共にテヘランへ飛び、アメリカにいるブレナンたちと連絡を取りながら捜査に協力することに。その結果、自宅の階段から転落したとされていた被害者が他殺だった証拠が見つかり、彼が勤めていた銀行の頭取の話から容疑者が浮上するが…。
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第20話 収集癖の女
ポトマック川の中から女性の遺体が見つかる。頭蓋骨は水流で摩耗していたがシャツに残る刺繍の跡から被害者は金物店で働くレスリーと判明。クッキーの壺のコレクターで、ネットオークションでの取引を巡りトラブルがあったことも分かる。「母は自分よりも壺が大事だった」と語る娘のコートニー。一方、ギャンブルが原因で家族と別居中のブースは依存症を克服すべく集会へ通い始める。彼の不在を寂しく思うブレナンだったが…。
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第21話 揺れ動く心
国立公園の山火事の中から焼死体が見つかる。骨折だらけの遺体にはガソリンをかけられ燃やされた跡があった。復顔により被害者はバイカーギャングの元メンバーで、服役後はヨガ講師をしていたマイカと判明。ギャングのリーダーや、ヨガスタジオの共同経営者でもある恋人、ライバルの同業者などが浮上する。一方、ブースはギャンブル依存症を克服する集会で節制30日を祝うことになるが、そのことをブレナンに話せずにいた…。
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第22話 未来に向かって
ブレナンは転職を考えブースにも仕事を変えるよう勧める。そんな中、全身の皮膚を剥がされ、公園のオベリスクに刺さった遺体が見つかり、連続殺人犯ペラントの模倣犯である可能性が浮上。パリ行きを来週に控えたアンジェラとホッジンズも最後の調査に取り組む。復顔により被害者はコンピューターコンサルタントの男性と判明。恋人や投資会社のIT担当が浮上する中、ペラントがホッジンズから奪った財産との関連も明らかになり…。
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第1話 消えたブース
退職し、家庭中心の生活を送っていたブースとブレナン。ところがある日、ブースの遺体が見つかったという知らせが入り、ブレナンはジェファソニアンに駆けつける。
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第2話 生還を信じて
ブースの捜索が続く中、パートナーの失踪を隠していたミラー捜査官に殺人の容疑がかかる。彼女のパートナーは犯罪組織に潜入中の捜査官のリストを持ち出していた。
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第3話 ドナーになった男
FBIとジェファソニアンに復帰したブースとブレナン。一方、カムはアラストとの別れを受け入れようとしていた。そこへ魚に臓器を食べられた遺体が運ばれてくる。
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第4話 殺しのタッチダウン
ファンタジー・フットボール・リーグのメンバーだった男性が何者かに殺される。犯人は架空のリーグにのめり込む男たちの中に?新たな実習生メイヤー博士の推理が冴える。
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第5話 蘇った死体
ハロウィーンの夜、青年たちが古い教会の床下から女性の遺体を発見。横にあった鉄の棺からは頭部のない男性の遺体が出てくる。その後、彼は独立戦争時代の将校で、女性はサラという現代の医学生と判明。そこへスリーピー・ホロウから来たイカボッド・クレーンと名乗る男とFBIのアビー・ミルズ捜査官が現れ、遺体を引き渡すよう要求する。ドラマ「スリーピー・ホロウ」とコラボしたクロスオーバー・エピソード。
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第6話 清掃車の中の上院議員
バージニア州選出の上院議員が殺された。選挙区の利益に反する法案に賛成票を投じようとしたことへの恨みによる犯行か?さらに不倫疑惑や隠し子がいたことも判明し…。
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第7話 マジックの城
森で女性の遺体が発見された。被害者のクラリッサは“マジックの城”に所属するマジシャンだった。ブレナンたちは体内から見つかった謎の鍵の正体を突き止めようとする。
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第8話 感謝祭の秘密
国家安全保障局 (NSA)の機密を暴露した新聞記者が殺された。政府による盗聴を疑いながら調査を進めるスクインツたち。一方、ブレナンはブースに隠し事をしていて…。
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第9話 カウボーイ殺人事件
ラボに運ばれてきた遺体は西部開拓時代を模した射撃ゲーム大会の参加者だった。ブースとボーンズは事件解決のため大会に潜入、バックとワンダのコンビが復活する。
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第10話 遺体爆弾の謎
コロンビアハイツで発見された遺体を調査中、突然、遺体が爆発。オーブリーとホッジンズが負傷してしまう。その報道を見て、ラボを辞めたバジリが駆けつける。
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第11話 車イスの科学者
運ばれてきた遺体の身元は公選弁護人の女性ドレア。遺体の一次検査の最中、退院したばかりのホッジンズがラボに現れた。そして周囲の心配をよそに強引に職場復帰する。
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第12話 抑圧された男たち
男性の権利を守るために作られた団体のトップが何者かに殺された。犯人は彼の標的であるフェミニストの1人なのか?一方、車イスのホッジンズは周囲に当り散らし…。
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第13話 クローゼットのモンスター
公園で女性の遺体が見つかった。身元はソーシャルワーカーのアリソンと判明。遺体には剥製処理が施され、そばには手作りのカセットテープと聖書が残されていた。
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第14話 セカンド・チャンス
聴聞会を控えて、容疑者を殴ったことを後悔してないと言うブレナンを前に、ブースは気が気ではない。一方、刑務所を出所して更生の道を歩んでいたはずの女性が殺害され…。
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第15話 フィクサーの死
川から凍った男性の遺体が見つかった。タトゥーからフィクサーのフランクだと判明。オーブリーが子供の時に父親が使っていた探偵で、顧客は秘密を抱えるクセ者だらけだ。
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第16話 アカペラは死の匂い
全国大会優勝が期待されるアカペラグループのメンバーである大学生が殺された。被害者に恨みを抱いていたと思われる人々が聴取される。一方、オーブリーには意外な秘密が…。
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第17話 命懸けの忠誠
森で溶けた遺体が見つかった。所持品から被害者は大統領警護官だと判明。ブースたちはシークレットサービスと合同で大統領の訪問を控えた町にいる反政府分子を調べ始める。風邪で自宅療養中のボーンズの代理で政府から派遣されたのは元助手フィッシャー。警護官の秘密も明らかになる中、大統領の到着が迫る。犯人の狙いは?
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第18話 アメリカの横顔
ジェファソニアンとFBIの協力関係を特集するテレビ番組のスタッフが取材にやって来た。ボーンズをはじめメンバー全員がインタビューされ、ゴミ埋め立て地で遺体となって発見されたピザ配達人の殺人事件の謎が解き明かされていく。カメラの前では親密さを見せなかったカムとアラストだが、最後にビッグ・サプライズが!
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第19話 アスリートの抱える闇
川で首なし死体が発見された。膨大な数の傷痕からブースが被害者は有名なホッケー選手だと断言。死因特定に必要な頭部をホッジンズとオリバーがドローンを使って捜索する。チームメイトやブースの昔のライバルの道具係を調べるうち、バーで選手たちに接触する怪しい女を発見。果たして事件解決の糸口となるチームの謎とは?
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第20話 容疑者となったスクインツ
スクインツの一員、クラークが15年前に加わった探検隊の隊長の遺体が、アラスカの浮氷の中から発見される。他殺体と判明したため、生還した4人の隊員が容疑者となるが、その1人のクラークが黙秘権を行使して、ブースたちを困惑させる。同行した考古学者、ガイド、助手、クラークのうち、真犯人は誰なのか?
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第21話 海を渡った宝石泥棒
リサイクル工場で発見された遺体からダイヤが見つかった。3日前に宝石店で盗まれた宝剣の一部だ。そこへ被害者と犯人を知っていると主張するフランスの警部が現れる。警部の情報から被害者は侯爵夫人と判明。そして侯爵が宝石強盗と夫人殺害の容疑者として浮かぶ。ボーンズたちは警部と協力し真相へと迫っていく。
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第22話 懐かしい悪夢
連続殺人犯による3人目の犠牲者が出る。自分が一時期ラボを辞めていたせいでこうなったと悩むブレナン。彼女は悪夢を見続け、その中に犯人らしき人物が登場する。犯人の真の狙いはブレナンらしいと判明する中、ついにラボから拉致され、目を覚ました彼女の前にいたのは、あり得ない“あの人物”だった…。
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第1話 懐かしい狂気
ザックに連れ去られたブレナンを捜すラボの仲間たち。外に出る姿が防犯カメラに映っていないことから、2人はまだジェファソニアン内にいると思われた。ブースが地下を捜索しに行くと、注射器を持ったザックと言い争っているブレナンを発見。ブースが銃を向けるとザックは自分が犯人ではないことを証明するため、ブレナンの前で自白剤を自分に注射しようとしていたと言う。
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第2話 人工知能革命
ドッグショーに参加する犬たちが森の中で遺体を発見する。早速ブレナンたちによる現場の調査が始まるが、犬の毛を刈ろうとしたホッジンズは飼い主ともみ合いに。そんな中、ブレナンはザックのロビイスト殺人の証拠を見直し、彼が無実かどうか調査を続けていた。しかし新証拠は見つからない。彼女はまた、自分の誕生日に自分で「サプライズ・パーティー」を企画すると宣言、一同を困惑させる。
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第3話 老兵は死なず
硫酸が入ったドラム缶の中から遺体が発見される。アンジェラの復顔で被害者は86歳のジェームズ・フェルベックと判明。バジリの分析により、被害者は長い円筒形のもので胸を殴られていたことが判る。カミールは杖が凶器ではないかと推測する。ブレナンとブースは被害者が住んでいた高齢者施設を訪ねて、交際していたバーバラという女性に彼の死を伝える。
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第4話 復讐の始まり
ネズミに食われた死体が公園で見つかる。現場を調べたブレナンたちは、被害者がホームレスのような生活をしていた40代の男性で、他の場所で殺され公園に運ばれたと考える。その後、ラボで骨の状況を詳しく確認したブレナンは、それがブースの戦友のアルドだという結論を出す。そんな中、オーブリーは国外へ逃亡中だった父が帰国したことをキャロリンから知らされ、もし父が現れたら躊躇なく逮捕に協力すると言い放つ。
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第5話 家庭教師の真実
治安の悪い地域でショットガンで撃たれた遺体が見つかる。顔の損傷が激しかったが、コンタクトレンズに残っていた指紋により被害者はオースティン・ウィルソンと判明。ルームメイトのベニーの話から、オースティンは塾で教師をしながら大学院を目指していたことが分かる。ブレナンとブースが塾を訪ねると、オースティンがジェイコブという生徒の母親スーに平手打ちされるのを見たという生徒を発見する。
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第6話 血塗られたチェーンソー
剥製店のゴミの中から死体が見つかり、容器ごとラボへ運ばれて来る。助手のロドルフォはホッジンズの指示で動物の臓器のゴミの中から遺体を回収。被害者は元プロゴルファーの女性、フィリス・ポールと判明する。彼女の恋人のナンシーは、フィリスが「ランバージャック」という木こりの技を競うスポーツの選手だったと話す。
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第7話 迫りくる過去
ブレナンは、マックスがペースメーカーを入れる手術を受けていたことを知り驚く。言いそびれただけだと話す父に怒るブレナン。そこへ森の中で遺体が見つかったとの知らせが入る。復顔と遺留品のブローチから、被害者はマーガレット・クワンという高齢の女性と判明。ブースとオーブリーは彼女の家を訪ね、管理人の女性から話を聞くが手がかりは得られない。
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第8話 父との別れ
カナダのニューファンドランド島でアメリカのパスポートを持った女性の遺体が発見される。遺体はジェファソニアンに搬送され、被害者はサラ・アボットと判明。カミールは父親を亡くしたばかりのブレナンを気遣って事件のことを連絡しなかったが、ブレナンはラボに来て普段通り仕事を始める。そこへブレナンの元恋人サリーがやって来て、2人は10年ぶりに再会する。
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第9話 ゴルモゴンの元弟子
ザックが無罪だと証明するため調査を続けるホッジンズ。だがブレナンはザックの有罪を覆すのは無理だと言う。そこへ農業用の機械に巻き込まれて切断された遺体が到着。干し草の中からバラバラになった遺体を回収していると、アンジェラが銃とスキーマスクを見つけ、被害者が強盗である可能性が浮上する。そんな中、ブースの頼みで元精神分析医のゴードン・ワイアット博士がFBIにやってくる。
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第10話 降ってきた遺体
陸橋の下を通りかかった車の上に、突然死体が落ちてくる。慌てた運転手は道路脇の木に激突。車は死体ごと炎上してしまう。ブレナンとブースは仕事前に立ち寄ったダイナーで以前ブレナンの助手を務めたメイヤー博士と再会。彼女が法人類学を離れプレリードッグの研究をしていることを知る。「情熱が消えかかったら新しいマッチを擦る」と話すメイヤー。ラボではウェンデルが学位論文のテーマで悩んでいた。
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第11話 宴の後
カミールとバジリの結婚披露宴が行われ、2人を祝う仲間たち。カミールは半年休職してバジリと旅行に出かける予定でいた。ところが翌朝、2人はジェファソニアンに呼び出され、深刻な事態が起きたことを知らされる。時間は遡って披露宴の夜。オリジナルカクテルを作ってみんなにふるまうホッジンズ。オーブリーはジェシカにロスに一緒に来てほしいと言い出せず、カクテルを何杯も飲んで酔っぱらう。
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第12話 永遠のパートナー
爆破されたラボの中に取り残された、ブレナン、ブース、アンジェラ、ホッジンズ。ブースは解除した爆弾を起爆して脱出しようとするが、ホッジンズは危険だと止める。ブレナンは爆発の衝撃で脳に異常が生じ、骨のことが分からない状態になっていた。焦るブース。しかしその後、ようやくレスキュー隊が壁を突破して彼らのもとへ。外で待っていたカミールやバジリ、現場へかけつけたオーブリーもひと安心する。
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